החשש מהפסקת אש קרובה לפני שתיכבש ה"עיר העתיקה", ולפני שיושלם כיתורה ויושג בסיס לתקיפתה מדרום, הניעו את אלוף הפיקוד להחליט על כיבוש השכונה אבו-תור. הכוח הפנוי היחיד לכיבוש השכונה היה גדוד חי"ר מחטיבת ירושלים בפיקודו של סא"ל מיכאל פייקס, שהיה בשעות הבוקר במתחם "הראדאר", ולאחר שהוחלף בגדוד חי"מ נע ליעדו במסע רגלי דרך עין-כרם, ואחר הוסע באוטובוסים לשכונת גאולים, לכן החלה ההתקפה באיחור.
הכבוש החל ב-6 ביוני 1967, בשל תנאי השטח נפגעו רבים מאנשי הגדוד. בקרב נפלו 16 חיילים וביניהם המג"ד, מרביתם באש של צלפים ושל חיילים ירדנים בודדים שניסו להיחלץ.